新疆地方与民族高发病教育部重点实验室依托于石河子大学，整合医学院、动物科技学院和生命科学院等相关学科的人员优势和实验室资源组建而成。2000年实验室成为新疆生产建设兵团重点实验室，2003年12月被教育部批准为省部共建教育部重点实验室，2007年7月实验室三年建设计划顺利通过教育部组织的专家组验收，被批准为教育部重点实验室。2021年，顺利通过教育部重点实验室评估。

本实验室聚焦国家、健康中国和新疆区域卫生健康重大需求，以危害各族人民健康的“民族高发性肿瘤（宫颈癌、食管癌等）、人畜共患感染性疾病（包虫病、布鲁氏菌病和虫媒病等）和代谢性疾病（高血压病、糖尿病等）”三大方向为主要研究对象，以应用基础研究为实验室定位，向转化研究与推广应用延伸。通过承担国家与地方重大科研项目，争取在新疆地方与民族高发性疾病的防治应用基础研究领域，产生具有转化和应用价值的高水平科研成果。同时，聚集和培养一批优秀的学科带头人与学术骨干，形成项目、人才、基地的有机结合，成为国家、新疆和兵团科技创新体系的重要组成部分。

2017年以来实验室共承担包括国家及省级以上科研项目在内共计266项，其中“政府间国际科技创新合作”重点专项项目1项，国家科技支撑计划项目2项，973重大基础研究前期研究专项等课题2项，国家自然基金和国家部委课题133项，累计研究经费超过1亿元。发表SCI论文专著750余篇，授权发明专利170余项，主编或参编教材117部，获得省级以上奖35余项。实验室下设5个科研平台（分子病理平台，感染免疫平台，能量代谢平台，心脑血管平台，实验动物平台），总面积8300余平方米，拥有仪器设备总值约6000余万元，为探讨民族高发性疾病和地方性疾病的发病机制与防治提供了有力的技术支撑。同时，“兵团结核病耐药检测中心”，“西部地区高发人兽共患传染性疾病防治省级协同创新中心”和“兵团远程病理会诊中心”技术平台，为提高新疆兵团地区的疾病检测、诊断、防治提供有力的条件技术平台支撑。

目前，实验室固定研究人员62人，其中博士学历人58人，45岁以下具有博士学历的青年研究人员31人占实验室科研人员的90%，已建成一支结构合理、具有创新能力的学术队伍。实验室通过高层次人才引进、青年骨干培养和在职人员国内外学习、研修等多种途径加强学术队伍建设，成功引进包括国家百千万人才工程2人，中组部青年拔尖人才1人（硬性引进），兵团特聘专家3人，石河子大学“绿洲学者”特聘教授1人，石河子大学“绿洲学者”讲座教授5人（柔性引进），“兵团英才”9人，“天山英才”6人，“天山英才”科技创新团队1个，12人被聘为华中科技大学兼职教授及博士生导师。目前，实验室拥有11个“国家临床重点专科”、3个“自治区重点学科”、4支省级科技创新团队（高发性感染性疾病团队、肝包虫创新团队、骨关节疾病创新团队、消化道肿瘤内镜下早期精准诊治创新团队）、1个省级协同创新中心（西部地区人兽共患传染性疾病防治）。此外，实验室依托的相关学科分别与北京大学、华中科技大学等联合培养博士30余名，为实验室的团队建设提供了重要的储备。

实验室依托医学院学科现有的基础医学博士学位点和14个硕士学位点，近三年共招收研究生1045名。同时，实验室积极开展与国内高校、科研院所联合培养研究生。鼓励有科研潜力的研究生在完成导师科研学术任务的基础上，积极参与各类科研项目，参加国内外学术会议，拓展学术视野，发表高水平论文。评估期间，研究生培养成果不断涌现，近三年获得石河子大学研究生教学成果奖5项，获得兵团第一届教育教学改革项目高等教育类三等奖1项，获批“自治区研究生教育创新计划项目”21项；研究生在国际高水平外文收录期刊上发表学术论文200余篇，大学研究生优秀学位论文67篇，校级优秀毕业生26人。

近年来，实验室不断加强国内外学术交流和科研协作，先后与美国约翰·霍普金斯大学医学院细胞与分子医学实验室、澳大利亚昆士兰大学癌症免疫与医学研究所、复旦大学遗传工程国家重点实验室、新疆大学生物资源基因工程重点实验室和自治区人民医院等签订了合作协议，并建立了良好的合作交流关系。