石河子大学医学院于2002年开始开办口腔医学三年制高职专业教育（2010年停招生）。2006年取消专业方向而新增了5年制口腔医学本科专业，同年招生至今。2007年医学院口腔医学系成立，2009年开办口腔医学专升本成人教育至今。

        2016年口腔医学专业一级学科硕士学位授权点，学制3年，毕业后授予硕士学位。2017年开始面向全国招收口腔医学专业学位硕士研究生。2019年，学校口腔医学硕士专业学位授权点和口腔医学一级学科硕士学位授权点分别顺利通过国务院学位委员会、教育部专项评估和合格评估。

       口腔医学专业教师队伍由医学院专任教师及石河子大学医学院第一附属医院口腔科教师组成，先后六次荣获石河子大学优秀教学基层组织，是一支教学经验丰富、临床技能过硬，治学严谨、团结协作的高素质双师型教师队伍。

       我校经过近二十年的口腔医学教育实践，不断的改革与创新、建设与发展，已经形成了包括本科、硕士研究生在内的多层次口腔医学人才教育体系，为新疆兵团及西部培养了大批应用型口腔医学人才，保障各族人民健康和稳边固疆发挥了重要作用。