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1996年4月,由石河子医学院、石河子农学院、兵团经济专科学校、兵团师范专科学校合并组建，成立了石河子大学。作为石河子大学的有机组成部分，石河子医学院更名为石河子大学医学院。截止到1996年，学院共有基础医学系、护理系、预防医学系、药学系4个教学系，有2个本科专业(临床和护理)、2个专科专业(影像和药学)
